關鍵詞：北美鵝掌楸 鵝掌楸 snp標記 遺傳連鎖圖譜 

摘要：【目的】開發大量可靠的SNP標記,為鵝掌楸高密度遺傳連鎖圖譜的構建和基于基因組的林木選擇育種提供分子基礎。【方法】從北美鵝掌楸NK基因型為母本、鵝掌楸LS基因型為父本的F1代雜交群體中,選取198株個體為作圖群體。用限制性內切酶EcoR I對包括2個親本和198個子代在內的200個單株的基因組DNA進行酶切,構建RAD(restriction-site associated DNA)文庫并進行RAD-seq測序。采用讀長為91 bp的雙末端測序。2個親本的平均測序深度為2×,198個子代的平均測序深度為0.8×,平均產量為1.94 Gb,共獲得約387.21 Gb數據。用Stacks軟件將每個樣品的RAD-reads作生物信息學分析,對候選位點進行卡方檢驗和缺失率檢驗,再將符合孟德爾遺傳的標記及與之相對應的RAD-tag序列和鵝掌楸參考基因組序列進行比對。最后,從本研究開發的SNP標記中選取27個候選SNP位點,設計引物,對隨機挑選的16個F1代進行PCR擴增并將結果進行測序,同時驗證SNP的有效性。【結果】從候選群體中共鑒定到22 019個SNP位點,符合孟德爾遺傳規律的標記為4 233個,最終獲得3 501個候選SNP標記。SNP驗證中,共有293個SNP標記完成測序并能判讀結果,所有位點都為SNP位點,共有194(66.2%)個SNP變異類型得到了驗證。【結論】基于RAD-seq技術和鵝掌楸參考基因組序列為基礎的策略,能夠作為一種快速有效的手段,實現大規模的分子標記開發,可用于鵝掌楸等林木的高密度遺傳圖譜的構建。

南京林業大學學報·自然科學版雜志要求:

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{2}文稿務求論點明確、文字精練、數據可靠。

{3}參考文獻：用于說明引文的出處，采用文末注的形式。注號：用“[1]、[2]、[3]……”。

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