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膿毒癥患者中性粒細胞差異表達基因及信號通路的生物信息學分析

何誠成; 張迎春; 段勇; 余江; 羅波; 江南; 梁雨; 曾靜媛; 鄭小莉; 鮮玉軍 西南醫科大學基礎醫學院; 四川瀘州646000; 中江縣人民醫院急診科; 四川德陽618100; 中江縣人民醫院神經內科; 四川德陽618100; 西南醫科大學附屬中醫院綜合內科; 四川瀘州646000

關鍵詞:膿毒癥 中性粒細胞 差異表達基因 關鍵基因 蛋白相互作用網絡 

摘要:目的尋找膿毒癥患者中性粒細胞中發生差異變化的致病相關基因及關鍵通路。方法從基因表達匯編(GEO)數據庫下載GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143個實驗組樣本及65個對照組樣本的基因芯片數據。采用R軟件的相關程序包篩選鑒定出中性粒細胞差異表達基因(DEG)。通過兩兩交集,得到共93個DEG,進一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba應用程序等多種方法進行基因功能和通路富集分析、PPI網絡分析和關鍵基因分析。結果確定中性粒細胞最重要的關鍵DEG,包括Toll樣受體2(TLR2)、原癌基因SRC、基質金屬蛋白酶9(MMP9)、白細胞介素1受體2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白細胞介素1受體相關激酶3(IRAK3)、白細胞介素18受體1(IL18R1)、白細胞介素18受體相關蛋白(IL18RAP)、絲氨酸/蘇氨酸激酶17b(STK17B);發現了一些涉及膿毒癥患者致病相關的通路以及免疫相關的生物學過程。結論這些基因可能通過多種信號通路引起膿毒癥的發生發展。

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